Отличительной чертой композиции «Бориса Годунова» является решительный разрыв с правилами классицизма. Пушкин смело нарушает три единства, типичные для трагедии классицистов; время действия охватывает период в восемь с лишним лет, место действия — не только дворец, но и площадь, и монастырская келья, и корчма, и поле сражения; даже не только Русь, но и Польша; действие не объединяется вокруг центрального героя и единой интриги, чем нарушается единство действия, как оно понималось классицистами.
Основное столкновение в трагедии — это борьба за престол Бориса и Самозванца, борьба, в которую втянуты различные общественные силы. Сам Пушкин говорит об этом так: «Меня прельщала мысль о трагедии без любовной интриги, но, не говоря уже о том, что любовь весьма подходит романтическому и страстному характеру моего авантюриста, я заставил Димитрия влюбиться в Марину, чтобы лучше оттенить её необычайный характер».
Любовь в трагедии лишь одно из средств характеристики героев, но не пружина, движущая события.
В трагедии — широкий охват жизни изображаемой эпохи, результатом чего явилось необычайно большое количество действующих лиц (около шестидесяти), притом из самых различных социальных слоев: царь, бояре, дворяне, патриарх, монахи, казаки, люди разных национальностей: русские, поляки, немцы, французы.
Вместо обычного деления на действия (по правилам классицизма—пять) пушкинская трагедия разбита на сцены (23), всё время меняющие место действия. Это чередование сцен дано в порядке последовательности или по контрасту. Так, например, в первых трёх сценах даны разговоры о Борисе: в первой — двух бояр во дворце, во второй — народа на Красной площади, в третьей — «всей Москвы» на Девичьем поле. Четвёртая же сцена — контраст и в то же время как бы итог предшествующим: избранный народом Борис обращается с торжественной речью к патриарху и боярам, и затем краткий разговор Шуйского с Воротынским снова возвращает нас к их беседе в первой сцене и выразительно характеризует их обоих и Бориса.
Новизной в построении, обусловленной идейным содержанием, является введение в качестве основного действующего лица народа. Поэтому-то, в противоположность трагедиям классицистов, у Пушкина трагедия начинается и заканчивается без Бориса и Самозванца, казалось бы, главных действующих лиц. Следует отметить, что, верный правде жизни, Пушкин нарушил и ещё одно правило классицизма — чистоту жанра: он соединил в своей трагедии и трагические, и бытовые, и комические сцены.
По принципам реализма построены и образы трагедии. Взамен одностороннего изображения человеческого характера, свойственного писателям классицизма, Пушкин даёт широкую и разностороннюю зарисовку внутреннего мира своих героев.
