Главы о жизни Москвы 30-х годов граничат с рассказами на библейские темы (роман, который пишет мастер, интерпретирует известную историю столкновения Иисуса и Понтия Пилата, а также историю жертвенной гибели Христа). Это дает возможность писателю рассматривать современность с позиции вечности и сквозь призму христианских ценностей. Композиция романа построена по принципу контрапункта, т.е. объединение разных, относительно независимых сюжетных линий, которые развиваются с разной скоростью. Это предопределяет определенную полифонию произведения, его обобщающий характер. В построении романа ощущается влияние Григория Сковороды, в трактате которого «Потоп змеиный» изложена концепция о существовании трех миров: земного, космического и библейского; каждый из них имеет две стороны — внешнюю (ту, что все видят) и внутреннюю (невидимую).
У М. Булгакова земной мир олицетворяют персонажи из московской жизни 30-х годов (Берлиоз, Римский, Варенуха, Ласточкин и др.). К космическому принадлежат Воланд и его свита (Азазелло, кот Бегемот, Абадонна, Гелла). Библейский мир возникает в историях о Иешуа Га-Ноцри, Понтии Пилате, Левии Матвее, Иуде и др. Такая художественная структура произведения — не просто произведение фантазии художника. Изображая разные миры, М. Булгаков делал ударение на разрыве между ними. Люди живут на Земле и не думают о Боге, о Вселенной. Злободневные проблемы отодвинули на второй план вечные ценности. А это означает, что мир утратил свою духовную цель и летит в пропасть. Роман «Мастер и Маргарита» является предупреждением человечеству о последствиях от нарушения законов бытия.
Кроме того, каждый из миров произведения — земной, библейский и космический — имеет, согласно концепции Г. Сковороды, две стороны. На первый взгляд, в Москве все благополучно, люди едят, пьют, развлекаются, но на самом деле это общество давно больное. Поэтому на Землю и приходит дьявол в образе обычного обывателя. Использование мотивов Г. Сковороды помогает М. Булгакову осознать скрытое, нераскрытое содержание жизни и показать его настоящую сущность. Характерной особенностью композиции является также то, что эпический рассказ объединяется с лирическими отступлениями, в которых показывается авторская позиция.
Одна из наибольших тайн романа — библейский сюжет, который разворачивается в воображении мастера.
Писатель максимально приземляет библейский сюжет. Иешуа столкнулся в идейном диалоге с Понтием Пилатом, который изображается не как могущественный прокуратор, а тоже как обычный человек, обессиленный головной болью. В Библии Понтий Пилат не мучается сомнениями и укорами совести, а булгаковский герой постоянно балансирует между добром и злом и, приказав убить Иешуа, потом будет страдать, до тех пор, пока Мастер не простит его. Иуда, который предал Иешуа, — также уже не библейский Иуда, подлый предатель, а влюбленный мужчина, готовый на все ради женщины. Иешуа Га-Ноцри не провозглашает в романе пламенных речей о спасении человечества и Царство Бога. Его истина проста: все люди хорошие, добрые и необходимо все сделать, чтобы помочь человеку проявить свою добрую природу, так как только добро может изменить мир. Все, кто общаются с Иешуа, внутренне изменяются.
Жестокий собиратель налогов, наслушавшись добрых слов Иешуа, бросил деньги на дорогу и пошел за ним. Сочувствие Иешуа лечит головную боль Понтия Пилата. Но свобода Иешуа Га-Ноцри, его стремление к правде и добру оказываются преступными с точки зрения Ершалаимских законов, так как там невозможно верить во что-нибудь другое, кроме кесаря. Любая вера, даже вера в добро, подрывает государственное устройство, основанное на власти и насилии. В этом плане Ершалаимский мир романа «Мастер и Маргарита» — это своеобразная модель тоталитарного государства, которое уничтожает человека и человеческие истины. М. Булгаков изображает насилие в широком историко-философском контексте, он доказывает, что зло есть злом, какие бы формы оно не приобретало, и судьба человека всегда будет трагической, пока человечество не осознает ценности отдельной личности и не вернется к духовным идеалам. Кто же несет ответственность за насилие?
М. Булгаков отказывается от идеи коллективной вины. Если в Библии Христа распяли по решению синедриона и по требованию толпы, которая кричала Пилату: «Распни его!» (Понтий Пилат лишь утвердил это решение), то у М. Булгакова вся ответственность за смертную казнь Иешуа возлагается на прокуратора. Именно он виновен в гибели Иешуа. В Библии Иисус создавал чудеса для людей, но он не сделал для них важнейшего чуда — Царства Божьего, так как показал им, как можно создать его самим. «Люди, вы — боги», — говорил Христос, имея в виду способность человека изменить духовный и естественный мир. «Люди — боги» являются одним из главных лейтмотивов булгаковского романа.
Мастер и Маргарита остаются людьми, пройдя все испытания, они сохранили в себе силу любви и добра, и даже дьявол вынужден их отпустить. Но мастер не может думать только о себе, о своей свободе и счастье. Философу необходимо осознать жизнь всего человечества. Своеобразным обращением ко всем людям, которые живут на Земле, стало известное лирическое отступление в финале романа. Здесь сливаются голоса автора, мастера и Иешуа. Это взгляд сверху на грешную землю и на страдание людей. В этих словах звучит пронзительная боль за все человечество, которое еще не осознало своих таинственных божественных сил, которые могут все изменить на лучшее. Вопреки глубокому трагизму рассказа, в романе утверждается светлая идея духовного величия человека, его моральных возможностей в борьбе со злом.
Оригинальной является художественная структура романа, в котором объединяются реальность и фантастика, комическое и трагическое, история и современность. Автор прибегает к фантастике, изображая приход дьявола на землю (традиции «Фауста» Й. В. Гете), чтобы показать, что она превратилась в ад, что там, где люди забывают о Христе, наступает царство сатаны. Но Воланд в романе выступает как добрая сила. Сатане уже не нужно даже обольщать людей, земной ад страшнее и чернее библейского, поэтому даже дьявол здесь добрый. Он пренебрегает земными страстями и земными жителями, показывая их настоящее лицо. Но спасение земли и человечества, по мнению писателя, должны прийти не от дьявола и не от любой другой потусторонней силы. Спасение должен осуществить сам человек.
Маргарита спасает Мастера. Понтий Пилат также старался спасти свою душу, приказав убить Иуду. Но спасение души не может осуществиться через убийство, и Понтий Пилат страдает, пока Мастер не освободил его от укоров совести. Мастер спасает также Ивана Бездомного, Иешуа — Левия Матвея. А если человек спасет человека, утверждает М. Булгаков, еще не утрачена надежда спасти весь мир. Помочь спасению человечества могут также вечные духовные ценности — добро, любовь, милосердие, которые воплощаются в образе Христа. Эта идея представлена уже в начале романа в разговоре Берлиоза с Бездомным о существовании Иисуса, когда неожиданно появляется Воланд, говоря: «Имейте в виду, что Иисус все же таки существовал…». Казалось бы, возникает определенный парадокс — Воланд, дьявол, утверждает существование Христа.
Но на самом деле здесь нет ничего парадоксального. Значение этого выражения многозначное: во-первых, говоря о Христе, Воланд утверждает свое существование как дьявола, то есть существование реального зла в обществе. Во-вторых, имя Христа является напоминанием людям о Боге, которого они забыли, и потому стало «все разрешено» в этом мире (известный мотив Ф. Достоевского, который разворачивается в романе).
М. Булгаков широко использует средства комического — юмор, иронию, гротеск, сарказм, которые помогают раскрыть общее состояние общества XX ст., показать его позорное влияние на человека. За внешним комизмом у автора всегда скрыты горькая боль и тревога за человечество, стремление найти пути выхода из трагедии. «Рукописи не горят» — эта фраза становится лейтмотивом всего произведения и символизирует бессмертие человеческого духа, творчества, добра, любви, свободы, христианских идеалов. Сожженный роман мастера о Ершалаиме снова восстановлен. Получают новую жизнь души Мастера и Маргариты. Но куда они летят в финале романа? Куда попадают — в рай или ад? Здесь мы сталкиваемся с важной проблемой света и покоя, которая вызывает разные мысли у исследователей и читателей.