Роман «Преступление и наказание» создавался в 1860-е годы, когда, по определению Ф. М. Достоевского, в обществе царила «шатость в понятиях», «носились в воздухе» странные, «недоконченные» идеи. Родион Раскольников, главный герой романа, «поддаётся» одной из таких идей, которая становится смысловым центром всего произведения.
«Преступление и наказание» продолжает традицию антинигилистического романа в русской литературе: на протяжении всего романа опровергается страшная теория «сильной личности», и одновременно подчёркиваются положительные человеческие качества Раскольникова — носителя теории. Несмотря на то, что Родион — «был уже скептик… был молод, отвлечёнен и, стало быть, жесток», его нельзя назвать просто нигилистом. Образ Раскольникова гораздо глубже, например, карикатурного образа типичного социалиста Лебезятникова с его идеями устройства новой «коммуны». Теория полностью завладевает Родионом; он фанатично ей предан. Необыкновенную силу характера Раскольникова отмечает Порфирий Петрович: «Я вас почитаю за одного из таких, которым хоть кишки вырезай, а он будет стоять и с улыбкой смотреть на мучителей, — если только веру иль Бога найдёт…». Из плана социального идея главного героя переходит в план философский, где «дьявол с Богом борется, а поле битвы — сердца людей».
Роман «Преступление и наказание» построен на принципе контраста и оксюморона: постоянно в нём сталкивается дьярольское и божественное («старушонку чёрт убил…», — говорит Раскольников Соне после чтения «вечной книги»), в диссонанс звучат голоса, идеи каждого из героев «полифонического» романа (жанровое определение М. М. Бахтина). Достоевский писал, что его «я» «встаёт в сторону, не укладывается во всё это, а судит и создаёт его». Несмотря на это, всё в романе направлено на развенчание античеловеческой теории Раскольникова.
По закону авантюрного «детективного» сюжета, элементы которого Достоевский использует в своём произведении, о сути самой теории можно узнать только из разговора Родиона с Порфирием Петровичем, из которого читателю становится известно, что за полгода до роковых в жизни Раскольникова событий в столичной газете была опубликована статья студента. В ней он утверждал, что людей можно разделить на две неравные части — «обыкновенные» и «необыкновенные», призванные дать «низшему материалу» «счастье слабосильных существ» (так скажет Великий инквизитор в романе «Братья Карамазовы», чья теория очень схожа с идеей Раскольникова). «Обыкновенные», созданные «единственно для зарождения себе подобных», «любят быть послушными» законам, учреждённым «право имеющими», издателями новых идей. Для достижения цели они имеют высокое нравственное право нарушать старые законы и, если понадобится, проливать человеческую кровь. В своей статье Родион Романович упоминает в связи с этим имена великих ученых — Кеплера, Ньютона, но главными историческими примерами и образцами выступают у него политические деятели и преобразователи общества — Солон, Ликург, Магомет и в особенности Наполеон, который наиболее смело жертвовал множеством чужих жизней для достижения своей личной власти. Пример Наполеона кружит Родиону голову и, теоретически думая о наполеонах и их «праве» на пролитие крови, он решает проверить, не рождён ли он сам с «натурой» Наполеона.
В своих «Дневниках» Ф. М. Достоевский писал, что человек, совершивший преступление, и человек, задумавший его, — «разные люди, но одной категории», поэтому наказание Раскольникова самой жизнью за то, что он «перешёл черту», начинается задолго до убийства. Герой чувствует себя, «как приговорённый к смерти», перед убийством осознаёт, что «нет у него более ни свободы рассудка, ни воли и что всё вдруг решено окончательно». В романе теория сравнивается с болезнью «наподобие чахотки», с сумасшествием; мотив болезни и бреда сопровождает образ героя через всё произведение. Кульминацией этого мотива в эпилоге становится сон Раскольникова о «неслыханной мировой язве».
Цепь катастроф, составляющих сюжет романа (убийства и самоубийства, скандалы Катерины Ивановны, страшные исповеди Раскольникова и Мармеладова) подчёркивает катастрофичность сознания самого Родиона. Он ощущает «признаки помешательства», предчувствует годы «холодной, мертвящей тоски…», вечность «на аршине пространства», признаётся Сонечке, что «не старушонку — себя убил». Его фамилия указывает на «раскол» его сознания: в Родионе странным образом переплетены презрение к людям (сам хочет решать за них, кому жить, а кому нет) и готовность всем помочь, «благодетельствовать» «тварь дрожащую».
В конце романа мысль о возможности загладить «крошечное преступленьице тысячью добрых дел» приводит Раскольникова на каторгу. Идея о тесной связи «дела» главного героя и расплаты за него заложена уже в названии произведения. Попытка Раскольникова «переступить», «узнать, вошь ли он, как все, или человек», наказывается не только юридически. Не случайно, Порфирий Петрович в последнем разговоре с Родионом даже замечает, что тот на каторгу пойдет «как на покой». Для главного героя страшнее духовное наказание, «страдание», «смертные муки». Раскольников совершает убийство в первой главе и мучается до конца романа, потому что поставил свою «отточенную как бритва казуистику» над Богом.
Мрачным фоном для действия романа служит образ Петербурга, в котором зарождается страшная теория Раскольникова. Свидригайлов говорит: «Русские люди вообще широкие люди, широкие, как их земля, и чрезвычайно склонны к фантастическому, к беспорядочному, проводя тем самым параллель между человеком и местом существования».
«Какая у тебя дурная квартира, Родя, точно гроб», — замечает Пульхерия Александровна, а сам Раскольников подтверждает, что она «много способствовала». Его «нумер» — «шкаф», «морская каюта» символизирует петербургский «антибыт», отсутствие Дома, душевного равновесия. Петербург Достоевского ужасает своей духотой, «грязью и вонью распивочных», «топящей» атмосферой, в которой физически можно почувствовать «носящиеся идеи».
Каждый герой у Достоевского — носитель определённой идеи, кажется, что и герой существует, пока живёт его теория. В «романе идей» теория Раскольникова является центром, а идеи других героев схожи с ней, находятся в состоянии постоянного диалога (диалогичность художественного мира Достоевского отмечал и М. М. Бахтин). Особый феномен «двойничества» в «Преступлении и наказании» представляет теорию Раскольникова, его жизненный путь во многих вариациях. Идея Раскольникова о «тысяче добрых дел» сопоставляется с экономической теорией Лужина о «целых кафтанах»; это выявляет абсурдность попытки считать добрые дела человеческими жизнями. Уже в конце романа Свидригайлов предрекает Раскольникову «две дороги: или пуля в лоб, или по Владимирке…» и сам «выбирает» один из возможных путей — в страшную грозу кончает жизнь самоубийством. Аркадий Иванович почти доказывает Родиону, что «кровь по совести» допустима — у самого на совести несколько смертей; но, в отличие от Раскольникова, у него нет веры — только «тёмная комната с пауками», поэтому нет будущего. Родиона до конца романа поддерживает Сонечка, которая указывает ему другой путь к спасению.
Попав на каторгу, Раскольников не отказывается от теории, несмотря на то, что ссыльные не любят и избегают его, что жить ему «омерзительно и невыносимо».
Крушение же идеи, подчинённой холодному рассудку, происходит внезапно, одним душевным порывом: «как это случилось, он и сам не знал». Соня и Раскольников «бесконечные источники жизни» черпают в любви, вере в «будущее, полное воскресенья». Мотив воскресения также важен в романе, он задаётся как символический прообраз судьбы «убийцы и блудницы» за чтением «вечной книги» и переплетается с темой мертвенности города, духовной смерти.
Таким образом, идея Раскольникова наполняет роман глубочайшей философской проблематикой, и её крушение символизирует не только несостоятельность «недоконченных» теорий, но и превосходство божественного, духовного, человеческого («совесть есть существование Бога в нас…») над холодными расчётами, лишёнными нравственных оснований. Именно поэтому, по мнению философа В. В. Розанова, главная цель романа «Преступление и наказание» — показать, «что есть православие».