В царствование Павла I, в период жесточайшей реакции, Карамзину пришлось совсем туго; он занимался в это время главным образом переводами, знакомя русских читателей со многими, до тех пор неизвестными им произведениями западных литератур; но и с переводами было трудно: цензура не хотела пропускать переводы из Демосфена, Цицерона, Саллюстия, потому что они были республиканцами. В 1802 г., при Александре I, Карамзин вновь принялся за издание журнала «Вестник Европы»; это был журнал не только литературный, но и общественно-политический, первый прообраз журналов XIX в. В 1801 г. Карамзин женился.
Денег у него не было, и журнал должен был прокормить его с семьей. Журнал имел успех, и Карамзин надеялся, что за пять лет издания его он накопит столько денег, что сможет покинуть литературу надолго. Он задумал бегство от литературы не для того, чтобы почивать на лаврах. Наоборот, он решил предпринять огромный труд, который потребовал бы много усилий и времени. Он задумал писать историю России — монументальное историческое произведение, на создание которого должен был уйти ряд лет. В 1802 г. произошло несчастье: молодая жена Карамзина умерла. Карамзин был потрясен. Но мысли об историческом труде не покидали его. Друг Карамзина М.Н. Муравьев, когда-то бывший учителем Александра I, взялся похлопотать о том, чтобы правительство помогло Карамзину в его занятиях историей. В 1803 г. царь назначил Карамзина официально историографом и дал ему пенсию. Карамзин передал «Вестник Европы» в другие руки и принялся с рвением за работу. Он читал, изучал, рылся в старинных рукописях, — и начал писать «Историю Государства Российского». Двадцать три года, до самой смерти, Карамзин продолжал работать над своей «Историей». Жизнь его была спокойна; она была заполнена трудом, семейными радостями и горестями, беседами с друзьями. В 1804 г. Карамзин женился вторично, на сестре П.А. Вяземского, «незаконной» дочери его отца. К старости Карамзин все более укоренялся в консервативных воззрениях. Но он оставался человеком независимым и не желал сам участвовать в грязном механизме царской власти. В 1811 г, он лично познакомился с царем (через сестру Александра Екатерину Павловну) и подал ему «Записку о древней и новой России», в которой критиковал политическое направление правительства с реакционных позиций, но смело и невзирая на лица.
В 1800-1810-х гг. разгорелась распря между учениками Карамзина — сторонниками его реформ в литературе и языке, с одной стороны, и литературно-политическими реакционерами, возглавленными адмиралом Шишковым, — с другой. Дело дошло до доносов правительству; некто Павел Иванович Голенищев-Кутузов, бездарный писатель и оголтелый реакционер, писал властям о том, что Карамзин — якобинец, ниспровергатель основ. К счастью, эти бредовые, вовсе не соответствовавшие действительности доносы не влияли на царя. Сам Карамзин совершенно устранился от полемики; за него сражались его ученики. Впоследствии он даже лично познакомился с Шишковым и сумел очаровать его. Вообще Карамзин обладал значительным обаянием, умением покорить своего собеседника. Его спокойное достоинство, легкость свободной и умной речи, острый ум импонировали самым различным людям.
В 1816 г. Карамзин приехал в Петербург. Через два года появились первые восемь томов «Истории Государства Российского». Успех книги был неслыханный. Все хотели прочесть историю своей страны, впервые научно и увлекательно написанную. Передовую молодежь не могла удовлетворить монархическая тенденция «Истории», но все признавали художественный блеск изложения и обилие материалов, собранных Карамзиным, его исключительной заслугой; все говорили о том, что Карамзин открыл для русского народа его прошлое.
С 1816 г. Карамзин летом живал в Царском Селе, недалеко от дворца. Работа над историей занимала все утро. На прогулке в парке Карамзин встречался постоянно с царем Александром. Они вместе гуляли и разговаривали. Карамзин стал личным другом царя, хотя нередко оспаривал его мнения и даже действия весьма решительно. Он не хотел ни чинов, ни денег, — и он не получал их. Нередко в Царское Село приезжали друзья, писатели, старики и молодежь. За круглым столом в гостиной жена Карамзина разливала чай; дети Карамзина внимательно прислушивались к беседе. Несколько поодаль от стола в просторных вольтеровских креслах восседал сам Карамзин и поучал своих молодых посетителей. Летом 1816 г. часто бывал на этих литературно-политических чаепитиях юноша Пушкин. Зимой беседы за круглым столом переносились в Петербург. Постоянными посетителями Карамзина были Жуковский, Батюшков, А.И. Тургенев, П.А. Вяземский, В 1820 г., когда Пушкину угрожала тяжкая кара за его вольнолюбивые стихи, Карамзин хлопотал о нем и помог смягчить его участь.
Карамзин умер в 1826 г., не успев закончить двенадцатый том «Истории Государства Российского», посвященный описанию событий «смутного времени».
Идеологическая позиция Карамзина. Четыре года, проведенные Карамзиным в сфере влияния новиковской организации, во многом определили его мировоззрение в дальнейшем, пожалуй, на всю его жизнь. В сущности, с самого детства Карамзин развивался в том течении русской дворянской культуры, которая выразилась в деятельности, в творчестве Хераскова и, с другой стороны, Новикова и которое восходило к Сумарокову и его школе. Исконный либерализм сумароковской школы, сильно поколебленный катастрофическими событиями 1770-1780-х гг., крестьянской войной и потемкинской реакцией в России, американской революцией и нарастанием революционной ситуации во Франции, все же не утерял окончательно своего обаяния для Карамзина. Неприятие тирании, произвола, чиновничье-полицейского характера правительства, варварства и невежества, разъедавших властвующий класс в России — все то, что составляло пафос отрицания политической борьбы и Сумарокова, и даже еще Фонвизина, — все это свойственно органически и мировоззрению Карамзина. Идея свободного гражданского служения писателя была ему всегда близка.