Задуман он был еще в начале 50-х годов. В октябре 1859 года Достоевский пишет брату: «В декабре начну роман… помнишь ли, я тебе говорил про одну исповедь — роман, который я хотел писать после всех, говоря, что еще самому надо пережить. На днях я совершенно решил писать его немедля… Все сердце мое с кровью положится в этот роман. Я задумал его в каторге, лежа на нарах, в тяжелую минуту…» Намеки, которые встречаются в письмах и тетрадях писателя, указывают, что роман-исповедь — это роман о преступлении и наказании Раскольникова. Подтверждается это еще и тем, что в первоначальном варианте роман и существовал в форме исповеди Раскольникова.
Однако в 1859 году роман не был начат. Развитие его замысла некоторые исследователи связывают с влиянием пушкинских «Цыган», при этом ссылаются на черновые тетради Достоевского, где встречается такая запись: «Алеко убил. Сознание, что он сам недостоин своего идеала, который мучает его душу. Вот преступление и наказание».
Замысел «выкашивался» в продолжение еще шести лет. Тягостный и мучительный 1864 год дает писателю обильный материал для задуманного произведения. После смерти брата Достоевский оказывается в страшной материальной нужде. Над ним нависает угроза долговой тюрьмы. Весь год Федор Михайлович вынужден был обращаться к петербургским ростовщикам, процентщикам и другим кредиторам. Не жалея здоровья и сил, просиживая за работой до шести часов утра, пытаясь спасти издававшийся вместе с братом журнал «Эпоха», Достоевский все же не может выбиться из нужды и доводит сумму своего долга до 25 тысяч рублей. Он перестает бороться за журнал и возвращается к своему основному делу — писательскому ремеслу.
Возникает идея романа на злободневную тему — о пьянстве. В июле 1865 года он предлагает редактору «Отечественных записок» А. А. Краевскому роман «Пьяненькие», где предлагает написать о драматической судьбе детей в семьях алкоголиков. «Роман мой называется «Пьяненькие» и будет в связи с теперешним вопросом о пьянстве. Разбирается не только вопрос, но представляются и все его разветвления, преимущественно картины семейств, воспитание детей в этой обстановке и проч… и проч.». Из-за материальных затруднений Краевский не принял предложенный роман, и Достоевский решил уехать за границу, чтобы вдали от кредиторов сосредоточиться на творческой работе. За границей денежная драма разыгрывается с новой остротой: в Висбадене Достоевский проигрывает в рулетку все, вплоть до карманных часов. Теперь ему грозит голод. В такой вот момент и оформляется окончательный план величайшего создания Достоевского — романа «Преступление и наказание», в котором объединились два первоначально различных творческих замысла.
В сентябре 1865 года, обращаясь в журнал «Русский вестник» к издателю М. Н. Каткову, Достоевский так излагает замысел романа: «Это психологический отчет одного преступления. Действие современное, в нынешнем году. Молодой человек, исключенный из студентов университета, мещанин по происхождению и живущий в крайней бедности, по легкомыслию, по шаткости в понятиях, поддавшись некоторым странным, «недоконченным» идеям, которые носятся в воздухе, решился разом выйти из скверного своего положения. Он решился убить одну старуху, титулярную советницу, дающую деньги на проценты… с тем чтоб сделать счастливою свою мать, живущую в уезде, избавить сестру, живущую в компаньонках у одних помещиков, от сластолюбивых притязаний главы этого помещичьего семейства — притязаний, грозящих ей гибелью, докончить курс, уехать за границу и потом всю жизнь быть честным, твердым, неуклонным в исполнении «гуманного долга к человечеству», чем уже, конечно, «загладится преступление», если только можно назвать преступлением этот поступок над старухой глухой, глупой, злой и больной, которая сама не знает, для чего живет на свете и которая через месяц, может быть, сама собою померла бы…
Почти месяц он проводит до окончательной катастрофы. Никаких на него подозрений нет и не может быть. Тут-то и развертывается весь психологический процесс преступления. Неразрешимые вопросы восстают перед убийцею, неподозреваемые и неожиданные чувства мучают его сердце. Божия правда, земной закон берет свое, и он кончает тем, что принужден сам на себя донести. Принужден, чтоб хотя погибнуть на каторге, но примкнуть опять к людям, чувство разомкнутости и разъединенности с человечеством, которое он ощутил тотчас же по совершении преступления, замучило его. Закон правды и человеческая природа взяли свое. Преступник сам решает принять муки, чтоб искупить свое дело…»
Итак, основной вариант, как мы видим, сложился у Достоевского к осени 1865 года. Катков сумел оценить гениальность плана романа и немедленно выслал автору аванс. С предельным напряжением Ф. М. Достоевский работает над романом всю осень, однако в конце ноября все написанное он сжигает: «…было много написано и готово; я все сжег… новая форма, новый план меня увлек, и я начал сызнова».
Первоначальный замысел разрастался, становился объемнее и сложнее. В феврале 1866 года Достоевский сообщает своему другу А. Е. Врангелю: «Недели две тому назад вышла первая часть моего романа в январской книге «Русского вестника». Называется «Преступление и наказание». Я уже слышал много восторженных отзывов. Там есть смелые и новые вещи».
Как это было обычно для него, параллельно с печатанием Достоевский лихорадочно продолжает работать над новым произведением до конца 1866 года: «Сижу за работой, как каторжник… Всю зиму я ни к кому не ходил, никого и ничего не видал… И так продолжится до окончания романа, если не посадят в долговое отделение».
Осенью 1866 года, в период завершения работы над «Преступлением и наказанием», Достоевский снова попадает в исключительно трудные обстоятельства: писатель был вынужден одновременно напряженно работать и над другим произведением (романом «Игрок»). По контракту с издателем Стелловским он должен был представить к 1 ноября новый роман. В случае невыполнения контракта издатель получал право в течение 9 лет «даром и как вздумается» печатать все, что будет написано Достоевским.
В начале октября у Достоевского не было написано ни одной строчки «Игрока». Положение казалось безвыходным, катастрофическим. В такой ситуации друзья посоветовали Федору Михайловичу обратиться к помощи стенографии, которая в то время начинала только входить в жизнь. Приглашенная Достоевским молодая стенографистка Анна Григорьевна Сниткина была лучшей ученицей петербургских курсов стенографии, ее отличали незаурядный ум, твердый характер и глубокий интерес к литературе. Меньше чем через месяц «Игрок» был завершен и вовремя сдан издателю. Сотрудничество с А. Г. Сниткиной оказалось чрезвычайно плодотворным (вскоре она становится женой и верным другом и помощником гениального писателя), опыт работы над «Игроком» был перенесен и на роман «Преступление и наказание». В ноябре и декабре 1866 года Достоевский диктует Анне Григорьевне последнюю, шестую часть и эпилог «Преступления и наказания», которые печатаются в декабрьском номере журнала «Русский вестник». В марте 1867 года роман выходит отдельным изданием.