Истоки романа восходят ко времени каторги Ф.М. Достоевского. 9 октября 1859 года он писал брату из Твери: «В декабре я начну роман… Не помнишь ли, я говорил тебе про одну исповедь-роман, который я хотел писать после всех, говоря, что еще самому надо пережить. На днях я совершенно решил писать его немедля. Все сердце мое с кровью положится в этот роман. Я задумал его в каторге, лежа на нарах, в тяжелую минуту грусти и саморазложения…» Первоначально Достоевский задумал написать «Преступление и наказание» в форме исповеди Раскольникова. Писатель намеревался перенести на страницы романа весь духовный опыт каторги. Именно здесь Достоевский впервые столкнулся с сильными личностями, под влиянием которых началось изменение его прежних убеждений.
Замысел своего нового романа Достоевский вынашивал шесть лет. За это время были написаны «Униженные и оскорбленные», «Записки из Мертвого дома» и «Записки из подполья», главной темой которых являлись истории бедных людей и их бунта против существующей действительности. 8 июня 1865 года Достоевский предложил А.А. Краевскому для «Отечественных записок» свой новый роман под названием «Пьяненькие». Но Краевский ответил писателю отказом, который объяснил тем, что у редакции нет денег. 2 июля 1865 года испытывавший тяжелую нужду Достоевский был вынужден заключить договор с издателем Ф.Т. Стелловским. За те же деньги, которые Краевский отказался выплатить за роман, Достоевский продал Стелловскому право на издание полного собрания сочинений в трех томах и обязался написать для него новый роман объемом не менее десяти листов к 1 ноября 1866 года.
Получив деньги, Достоевский раздал долги и в конце июля 1865 года выехал за границу. Но денежная драма на этом не завершилась. За пять дней в Висбадене Достоевский проиграл в рулетку все, что у него было, включая карманные часы. Последствия не заставили себя долго ждать. В скором времени хозяева отеля, в котором он остановился, приказали не подавать ему обеды, а еще через пару дней лишили и света. В крошечной комнате, без еды и без света, «в самом тягостном положении», «сжигаемый какой-то внутренней лихорадкой», писатель приступил к работе над романом «Преступление и наказание», которому суждено было стать одним из самых значительных произведений мировой литературы.
В сентябре 1865 года Достоевский решил предложить свою новую повесть журналу «Русский вестник». В письме к издателю этого журнала писатель сообщил, что идеей его нового произведения станет «психологический отчет одного преступления»: «Действие современное, в нынешнем году, молодой человек, исключенный из студентов университета, мещанин по происхождению и живущий в крайней бедности, по легкомыслию, по шаткости в понятиях, поддавшись некоторым странным, «недоконченным» идеям, которые носятся в воздухе, решил разом выйти из скверного своего положения. Он решился убить одну старуху, титулярную советницу, дающую деньги на проценты. Старуха глупа, глуха, больна, жадна, берет жидовские проценты, зла и заедает чужой век, мучая у себя в работницах свою младшую сестру. «Она никуда негодна», «для чего она живет?», «полезна ли она хоть кому-нибудь?» и т. д. — эти вопросы сбивают с толку молодого человека. Он решает убить ее, обобрать, с тем, чтобы сделать счастливою свою мать, живущую в уезде, избавить сестру, живущую в компаньонках у одних помещиков, от сластолюбивых притязаний главы этого помещичьего семейства — притязаний, грозящих ей гибелью, — докончить курс, ехать за границу и потом всю жизнь быть честным, твердым и неуклонным в исполнении «гуманного долга к человечеству» — чем уже, конечно, «загладится преступление», если только можно назвать преступлением этот поступок над старухой глухой, глупой, злой и больной, которая сама не знает, для чего живет на свете, и которая через месяц, может быть, сама собой померла бы…»
По словам Достоевского, в его произведении есть намек на мысль, что налагаемое юридическое наказание за преступление гораздо меньше устрашает преступника, чем думают блюстители закона, главным образом потому, что он и сам это наказание нравственно требует. Достоевский поставил цель наглядно выразить эту мысль на примере молодого человека — представителя нового поколения. Материалы для истории, положенной в основу романа «Преступление и наказание», по свидетельству автора, можно было найти в любой газете, издаваемой в то время. Достоевский был уверен, что сюжет его произведения отчасти оправдывал современность.
Сюжет романа «Преступление и наказание» первоначально был задуман писателем как небольшая повесть объемом пять-шесть печатных листов. Последний сюжет (история семейства Мармеладовых) вошел в конце концов в рассказ о преступлении и наказании Раскольникова. С самого начала своего возникновения замысел об «идейном убийце» распадался на две неравные части: первая — преступление и его причины и вторая, главная, — действие преступления на душу преступника. Идея двучастного замысла отразилась и на названии произведения — «Преступление и наказание», и на особенностях его структуры: из шести частей романа одна посвящена преступлению и пять — влиянию совершенного преступления на душу Раскольникова.
Достоевский усиленно работал над планом своего нового произведения в Висбадене, позднее — на пароходе, когда возвращался из Копенгагена, где гостил у одного из своих семипалатинских друзей, в Петербург, а затем и в самом Петербурге. В городе на Неве повесть незаметно переросла в большой роман, и Достоевский, когда произведение было уже почти готово, сжег его и решил начать заново. В середине декабря 1865 года он отправил главы нового романа в «Русский вестник». Первая часть «Преступления и наказания» появилась в январском номере журнала за 1866 год, но работа над романом была в самом разгаре. Писатель напряженно и самозабвенно трудился над своим произведением на протяжении всего 1866 года. Успех первых двух частей романа окрылил и вдохновил Достоевского, и он принялся за работу с еще большим усердием.
Весной 1866 года Достоевский планировал уехать в Дрезден, пробыть там три месяца и закончить роман. Но многочисленные кредиторы не позволили писателю выехать за границу, и летом 1866 года он работал в подмосковном селе Люблине, у своей сестры Веры Ивановны Ивановой. В это время Достоевский был вынужден думать и над другим романом, который был обещан Стелловскому при заключении с ним в 1865 году договора. В Люблине Достоевский составил план своего нового романа под названием «Игрок» и продолжал трудиться над «Преступлением и наказанием». В ноябре и декабре были дописаны последняя, шестая, часть романа и эпилог, и «Русский вестник» в конце 1866 года закончил публикацию «Преступления и наказания». Сохранились три записные тетради с черновиками и заметками к роману, по сути три рукописные редакции романа, которые характеризуют три этапа работы автора. Впоследствии все они были опубликованы и позволили представить творческую лабораторию писателя, его упорную работу над каждым словом.
Висбаденская «повесть», как и вторая редакция, была задумана писателем в форме исповеди преступника, но в процессе работы, когда в исповедь влился материал романа «Пьяненькие» и замысел усложнился, прежняя форма исповеди от имени убийцы, который фактически отрезал себя от мира и углубился в свою «неподвижную» идею, стала слишком тесной для нового психологического содержания. Достоевский предпочел новую форму — рассказ от имени автора — и сжег в 1865 году первоначальный вариант произведения.
В третьей, окончательной, редакции появилась важная пометка: «Рассказ от себя, а не от него. Если же исповедь, то уж слишком до последней крайности, надо все уяснять. Чтобы каждое мгновение рассказа все было ясно…» Черновые тетради «Преступления и наказания» позволяют проследить, как долго Достоевский пытался найти ответ на главный вопрос романа: почему Раскольников решился на убийство? Ответ на этот вопрос не был однозначным и для самого автора. В первоначальном замысле повести это несложная мысль: убить одно ничтожное вредное и богатое существо, чтобы осчастливить на его деньги много прекрасных, но бедных людей. Во второй редакции романа Раскольников изображен как гуманист, горящий желанием вступиться за «униженных и оскорбленных»: «Я не такой человек, чтобы дозволить мерзавцу беззащитную слабость. Я вступлюсь. Я хочу вступиться». Но идея убийства из-за любви к другим людям, убийства человека из-за любви к человечеству, постепенно «обрастает» стремлением Раскольникова к власти, но движет им еще не тщеславие. Он стремится получить власть, чтобы полностью посвятить себя служению людям, жаждет использовать власть только для совершения добрых поступков: «Я власть беру, я силу добываю — деньги ли, могущество ль — не для худого. Я счастье несу». Но в ходе работы Достоевский все глубже проникал в душу своего героя, открывая за идеей убийства ради любви к людям, власти ради добрых дел странную и непостижимую «идею Наполеона» — идею власти ради власти, разделяющую человечество на две неравные части: большинство — «тварь дрожащая» и меньшинство — «властелины», призванные управлять меньшинством, стоящие вне закона и имеющие право, подобно Наполеону, во имя нужных целей переступать через закон. В третьей, окончательной, редакции Достоевский выразил «созревшую», законченную «идею Наполеона»: «Можно ли их любить? Можно ли за них страдать? Ненависть к человечеству…»
Таким образом, в творческом процессе, в постижении замысла «Преступления и наказания» столкнулись две противоположные идеи: идея любви к людям и идея презрения к ним. Судя по черновым тетрадям, Достоевский стоял перед выбором: или оставить одну из идей, или сохранить обе. Но понимая, что исчезновение одной из этих идей обеднит замысел романа, Достоевский решил совместить обе идеи, изобразить человека, в котором, как говорит Разумихин о Раскольникове в окончательном тексте романа, «два противоположных характера поочередно сменяются». Финал романа также был создан в результате напряженных творческих усилий. В одной из черновых тетрадей содержится следующая запись: «Финал романа. Раскольников застрелиться идет». Но это был финал только для идеи Наполеона. Достоевский же стремился создать финал и для «идеи любви», когда Христос спасает раскаявшегося грешника: «Видение Христа. Прощения просит у народа». При этом Достоевский прекрасно понимал, что такой человек, как Раскольников, соединивший в себе два противоположных начала, не примет ни суда собственной совести, ни суда автора, ни суда юридического. Лишь один суд будет авторитетным для Раскольникова — «высший суд», суд Сонечки Мармеладовой, той самой «униженной и оскорбленной» Сонечки, во имя которой он совершил убийство. Вот почему в третьей, окончательной, редакции романа, появилась следующая запись: «Идея романа. I. Православное воззрение, в чем есть православие. Нет счастья в комфорте, покупается счастье страданием. Таков закон нашей планеты, но это непосредственное сознание, чувствуемое житейским процессом, — есть такая великая радость, за которую можно заплатить годами страдания. Человек не родится для счастья. Человек заслуживает счастья, и всегда страданием. Тут нет никакой несправедливости, ибо жизненное знание и сознание приобретается опытом «за» и «против», которое нужно перетащить на себе». В черновиках последняя строчка романа имела вид: «Неисповедимы пути, которыми находит бог человека». Но Достоевский завершил роман другими строчками, которые могут служить выражением сомнений, терзавших писателя.